Benito Arias Montano nació en Fregenal de la Sierra. Las primeras noticias sobre su formación nos las da él mismo en su ‘Comentaria in duodecim prophetas’, donde nos dice que desde su más tierna infancia sus padres le enseñaron los rudimentos de la moral y la religión y que sus primeras letras las aprendió del párroco de su pueblo, Diego Vázquez Matamoros.
A los catorce años escribió su primer trabajo científico, ‘Discurso sobre el valor y la correspondencia de las monedas antiguas con las nuevas’. A los quince años ya tenía conocimientos de física y astronomía.
A los diecinueve años marcha a Sevilla, donde cursa Artes y Física, residiendo, según parece, en casa de Gaspar Vélez de Alcocer (a quien dedica su Retórica). Sin embargo, existe la sospecha de que dejara su pueblo natal en fecha más temprana para estudiar humanidades en Sevilla, quizás en el Colegio de S. Miguel. Tras la muerte de su padre, Arias Montano quedó bajo la protección de D. Cristóbal Valtodano, canónigo y provisor de Badajoz. Además de éste, los otros dos primeros maestros de Arias Montano fueron Alfonso García Matamoros y Pedro de Mejía, personaje que gozó de gran fama por su conocimiento y dominio del latín y del griego, así como de las matemáticas y la historia, la cosmografía y la hidrografía.
Entre sus hábitos sobresalía la austeridad, la parquedad en las comidas, el poco tiempo destinado al sueño y la constante dedicación al estudio, curiosamente características todas ellas que marcarán también la vida del humanista frexnense. Como dato curioso de la estancia de Arias Montano en Sevilla hay que mencionar su fina observación de los fenómenos fonéticos, pues, por primera vez en la historia, da cuenta de la evolución del “ceceo” y “seseo” andaluces.
Tras sus estudios en Sevilla, se gradúa en Artes en Alcalá en 1548, al año siguiente en Artes y Filosofía, y en 1552 pasa también las pruebas Teología. Sus estudios en Alcalá con Cipriano de la Huerga lo sitúan en la línea exegética de la verdad hebraica, o sentido literal filológico. Al terminar sus estudios en Alcalá empezó a vivir en la Peña de Alájar (hoy Peña de Arias Montano). En 1559 el Santo Oficio prendió a Arias Montano, y le incoó un proceso del que salió indemne. En 1560, tras las pruebas de limpieza de sangre requeridas, ingresa en la Orden de Santiago en el convento de San Marcos de León. En 1562 el Obispo de Segovia, Martín de Ayala, se lo lleva como teólogo al Concilio de Trento, donde habían ido acudiendo, desde 1545, los más prestigiosos teólogos del mundo. Sus intervenciones en el Concilio, acerca de la eucaristía y el matrimonio, se basaron exclusivamente en textos de la Sagrada Escritura, y tuvieron un notable éxito. Al volver de Trento, se recluyó de nuevo en su retiro de la Peña hasta que, en 1566, Felipe II lo hizo su capellán. En 1568, el propio Felipe II lo hizo responsable de la Biblia quinquelingüe (latín, griego, hebreo, caldeo y siríaco) de Amberes, en la imprenta de Plantino[5]. En Flandes reside desde 1568 hasta 1575, con el intermedio de un viaje a Roma en 1572 para lograr del Papa la aprobación de la Biblia Políglota. En 1575 vuelve a Roma para defenderse de las acusaciones de sus enemigos, fundamentalmente León de Castro, acerca de la ortodoxia de la Biblia Políglota, que ya había sido publicada. Según tesis de Rekers, durante su estancia en Amberes, por influjo de Plantino y de otros amigos, se hizo de la secta religiosa de la Familia Charitatis, considerada como heterodoxa, y que basaba su doctrina en la identificación personal con el ser divino. El problema de su pertenencia a esta secta sigue abierto, si bien Montano, hasta el último de sus días, se consideró fiel devoto de la Iglesia Católica. La cuestión es si ser familista era ser claramente heterodoxo (como opina Rekers), o se podía ser familista y católico impecable a la vez. En 1576 regresa a España, y al año siguiente, por encargo de Felipe II, organiza la Real Biblioteca, catalogando y dividiendo sus fondos. En 1579 marcha de nuevo a la Peña. En 1582 asiste al Concilio Provincial de Toledo, y vuelve de nuevo al Escorial. En 1584 consigue que Felipe II le admita la renuncia a su cargo de capellán real. Tras varias estancias en el Escorial, en 1592 regresa a Sevilla y ya no sale de Andalucía hasta su muerte. En 1597 creó en Aracena una cátedra perpetua de lengua latina. Murió en una propiedad recientemente adquirida, Campo de Flores, el 6 de julio de 1598 a las tres y media de la madrugada. Pero a Arias Montano no lo dejaron tranquilo sus enemigos ni después de muerto. Su gran amigo y discípulo Pedro de Valencia hubo de emplearse a fondo en defender la memoria de su maestro de las impugnaciones de heterodoxia promovidas contra él. El jesuita Juan de Pineda, el más duro censor inquisitorial de todos los tiempos, prohibió en el Index de 1607 todas las obras de Montano; Pedro de Valencia salió en defensa de su maestro y consiguió que en el Index de 1612 se restituyera, manteniendo reservas aisladas, el buen nombre de Arias Montano. Un nuevo enemigo, Andrés de León, que quería sacar una nueva edición de la Biblia, atacó la paráfrasis caldaica de la Políglota de Montano; otra vez Pedro de Valencia, con una erudita y vehemente defensa, logró salvar la Políglota de los que querían quitarla de la circulación.